O Jardim Escola João de Deus de Mortágua abriu ao público no dia 8 de Janeiro de 1948, tornando-se assim o 10º Jardim Escola em funcionamento no país a essa data.
Foi mandado construir pelo Dr. Aníbal Dias (médico natural de Mortágua) em conjunto com o Estado e com uma comissão que pretendia “(…) resgatar da tristeza e do abandono os pequeninos (…) ”.
Começou a funcionar com 33 crianças do pré-escolar e do primeiro ciclo do ensino básico. O Corpo Docente era composto por duas professoras, D. Perpétua Rosa Braz (regente) e D. Maria Isabel Delgado.
Mais tarde, o primeiro ciclo do ensino básico extingui-se e criaram-se duas novas valências, a de Creche e a de Actividades de Tempos Livres, actual  CATLS. Esta última foi extinta devido à abertura do Cento Educativo que oferece prolongamento de horário aos alunos do 1ºCiclo.
Com o aumento significativo de procura por parte das famílias, houve necessidade de edificar novas instalações da Creche. Desta forma, em 2004, o novo edifício foi inaugurado.
Actualmente é constituído pelas valências de Creche e Pré-Escolar.
O seu edifício está situado no centro da Vila de Mortágua, rodeado por inúmeros serviços públicos.
A maioria da população escolar é oriunda das freguesias vizinhas, existindo casos raros de crianças provenientes de outros concelhos.